液相色譜和離子色譜都是液相色譜的一種，但是兩者在結(jié)構(gòu)和分析對象上還是存在一些差異的。很多人都會把離子色譜作為一個單獨的大類來考慮。作為液相色譜儀和離子色譜儀生產(chǎn)廠家譜析儀器就從儀器結(jié)構(gòu)和應用范圍兩個方面出發(fā)，聊聊它們之間的區(qū)別。
在儀器結(jié)構(gòu)方面：液相色譜和離子色譜均有溶劑輸送系統(tǒng)、進樣系統(tǒng)、檢測系統(tǒng)和信號記錄和處理系統(tǒng)，但由于液相色譜和離子色譜所用的流動相不同，因而檢測方式及信號處理也不同，在各部件上有一些差別。
A、液相色譜一般采用溶劑作淋洗液，因此多數(shù)采用金屬泵體，可以耐多種類型的溶劑，但對于酸或堿性流動相，易產(chǎn)生腐蝕現(xiàn)象。隨著液相色譜在生物領(lǐng)域的應用，為了金屬對一些生物活性物質(zhì)的吸附作用，一些在生物方面應用的液相色譜儀器也采用PEEK材料作為泵體、流路和閥。在這一領(lǐng)域，離子色譜和液相色譜具有了通用性。
離子色譜一般采用酸、堿及鹽的水溶液作為流動相，要求系統(tǒng)可以耐酸、耐堿，因此通常離子色譜裝置采用非金屬材質(zhì)。例如：采用聚醚醚酮(PEEK)塑料作為泵體、流路和閥體等要求耐高壓的部分，而以聚四氟乙烯或PEEK材料作為檢測器，外接管路等。由于加工和強度方面的差異，一般情況下全塑的材料在耐壓強度和精度上比金屬材料要略低一些。
B、離子色譜可分為已知型和非已知型，采用已知器的已知型離子色譜目前應用廣。液相色譜沒有類似的裝置。已知器在結(jié)構(gòu)上與液相色譜的柱后衍生系統(tǒng)相似，但已知器是已知型離子色譜組件之一。非已知型離子色譜不用已知器，與液相色譜相似，一些非已知型離子色譜有時可以采用液相色譜的泵、流路和進樣閥。
C、檢測器是液相色譜和離子色譜的又一主要差別。液相色譜一般采用紫外-可見光度檢測器；而離子色譜通用的是電導檢測器。
液相色譜和離子色譜的分析對象差別很大。液相色譜作為分析儀器中使用的一類儀器，在許多領(lǐng)域中被應用。采用液相色譜時，常要求被測物具有光度吸收，因此液相色譜一般可以用于化合物的分析。而離子色譜主要利用離子在水溶液中電離產(chǎn)生電導的特點，因而主要用于無機離子的分析。
當然，液相色譜和離子色譜的應用并不是沒有交叉，目前離子色譜已經(jīng)用于化合物的分析，而液相色譜也可以解決大量無機離子的分析問題，兩種分離模式具有互補性。一些液相色譜無法解決的分析難題，可以用離子色譜的方法來解決。