氣相色譜法的一般流程主要包括三部分：載氣系統、色譜柱和檢測器。具體流程如下：
當載氣攜帶著不同物質的混合樣品通過色譜柱時，氣相中的物質一部分就要溶解或吸附到固定相內，隨著固定相中物質分子的增加，從固定相揮發到氣相中的試樣物質分子也逐漸增加，也就是說，試樣中各物質分子在兩相中進行分配，蕞后達到平衡。這種物質在兩相之間發生的溶解和揮發的過程，稱分配過程。分配達到平衡時，物質在兩相中的濃度比稱分配系數，也叫平衡常數，以Ｋ表示，Ｋ＝物質在固定相中的濃度／物質在流動相中的濃度，在恒定的溫度下，分配系數Ｋ是個常數。
由此可見，氣相色譜的分離原理是利用不同物質在兩相間具有不同的分配系數，當兩相作相對運動時，試樣的各組分就在兩相中經反復多次地分配，使得原來分配系數只有微小差別的各組分產生很大的分離效果，從而將各組分分離開來。然后再進入檢測器對各組分進行鑒定。
