在線氣相色譜儀的氣源是載氣和輔助氣體的來源。在線氣相色譜儀中使用的載氣是氫氣、氮氣、氦氣、氬氣、空氣。載氣的選擇必須先滿足在線氣相色譜儀的要求，并且還要考慮分析方法對分析周期、的效率和靈敏度的影響。例如，從柱效率的觀點來看，要求載氣的擴散系數小，并且為了獲得良好的峰型，通常使用氮作為載氣。
在線氣相色譜儀載氣中氧的存在導致固定相氧化，損壞色譜柱，改變樣品的保留值。載氣中水的存在導致部分固定相或硅烷化擔體發生水解，甚至損壞氣相色譜儀柱子。氣體中有機化合物或其它雜質的存在產生基線噪音和拖尾現象。氣體中夾帶的粒狀雜質可能使氣相色譜儀氣路控制系統失靈。
載氣系統包括氣源、氣體凈化器、氣路控制系統。載氣是氣相色譜過程的流動相，原則上說只要沒有腐蝕性，且不干擾樣品分析的氣體都可以作載氣。常用的有H2、He、N2、Ar 等。在實際應用中載氣的選擇主要是根據在線氣相色譜儀的特性來決定，同時考慮色譜柱的分離效能和分析時間。載氣的純度、流速對色譜柱的分離效能、檢測器的靈敏度均有很大影響，氣路控制系統的作用就是將載氣及輔助氣進行穩壓、穩流及凈化，以滿足氣相色譜分析的要求。
操作在線氣相色譜儀如何選用不同氣體純度的氣源做載氣和輔助氣體原則上講，選擇氣體純度時，主要取決于分析對象、色譜柱中填充物以及檢測器。建議在滿足分析要求的前提下，盡可能選用純度較高的氣體。這樣不但會提高(保持)儀器的高靈敏度，而且會延長色譜柱和整臺儀器(氣路控制部件，氣體過濾器)的壽命。實踐證明，儀器長期使用較低純度的氣體氣源，一旦要求分析低濃度的樣品時，要想恢復儀器的高靈敏度有時十分困難。對于低檔儀器，作常量或半微量分析，選用高純度的氣體，不但增加了運行成本，有時還增加了氣路的復雜性，更容易出現漏氣或其他的問題而影響在線氣相色譜儀的正常操作。
在線氣相色譜儀工作者的良好習慣：
在線氣相色譜儀工作者的良好習慣：
（1）按照在線氣相色譜儀手冊中的說明進行操作；
（2）準備在線氣相色譜儀色譜柱測試樣品；
（3）及時更換毛細管色譜柱密封；
（4）使用所需純度的氣體；
（5）定期更換氣體凈化器填料；
（6）使用可靠的壓力調節閥；
（7）定期更換進樣口的蒸發墊；
（8）及時清潔注射器；
（9）定期檢查并清潔在線氣相色譜儀進樣口襯管；
（10）保留完整的在線氣相色譜儀使用記錄；
（11）逐個更換零件。
