液相色譜儀是屬于易學難用的儀器，特別講究“正確使用”和使用經驗。此外，因為液相色譜儀是一種精密型儀器，在維護與保養、維修方面有著較高的要求。因此，使用人員掌握儀器故障原因或能更好的幫助自身使用儀器。
液相工作人員接觸最多的應該是流動相，流動相是造成液相色譜各種問題的主要源頭。其中，“堵”是液相色譜儀常見的故障。
“堵”的表現現象是柱壓異常升高，直接原因是流路不暢。堵塞的主要位置是在色譜柱的前端，主要原因是流動相里有雜質，雜質的主要來源是細菌。
具體來說，“堵”的原因大概有三種，其一是配制流動相時細菌污染。首先，我們要認識到，一般的國產甲醇不需要額外過濾處理，直接使用沒有問題，正容易引起問題的，是水中的細菌。新制備的純水在室內放置幾天會長菌，而這些細菌雖然肉眼不可見，卻足以堵塞柱填料顆粒的空隙，造成柱子很快報廢。這是在配制流動相時造成的細菌污染的原因，解決它的方法很簡單，確保水的可靠性。如，購買實驗室專用純水機，購買市售品牌純凈水。
其二，使用流動相時的細菌污染。簡單來說就是流動相剛開始沒有長菌，在使用時卻產生了細菌污染。這主要是在使用多元液相色譜儀時的一種不良使用習慣造成的，如50%的甲醇水流動相，有兩種使用方式，一種方式是在上機前配好混合在一起，另一種方式是在流路A放純甲醇，流路B放純水。從單純實驗效果來說，后一種有明顯的優點，但純水在流動相瓶中幾天時間會長細菌。因此，這種方式要求操作人員每次實驗都要用新制備的純水，更要求在每次實驗后把水相換掉，換成甲醇沖洗干凈，但多次使用中總有一兩次會遺漏。
其三，不適當操作。常見問題的有以下幾種：在更換零件時選擇的型號有誤，接口不是很匹配，在擰緊的時候產生變形而使得管路堵塞；樣品處理液凈化得不干凈，長期會在六通閥和柱之間形成阻塞不暢；在使用手動六通閥時，有些人可能由于手勁小的原因，轉動的不到位，于是造成流路形成了死堵，壓力快速升高超過警戒值；在使用金屬管路作出廢液管時，應當注意先在廢液瓶中放一些水，并把廢液管的出口端放在液面下。
查堵的方法是從尾向前逆向分段拆開，仔細觀察壓力數值，如果液相色譜儀某一個部件（柱子除外）裝上和拆下時的壓力差別很大，可發展變化判斷。至于柱的堵塞，可以通過換同樣規格的柱的壓力是否一致來判斷。
