在線氣相色譜儀選擇氣體純度時，主要取決于① 分析對象；②色譜柱中填充物；③檢測器。譜析色譜小編建議在滿足分析要求的前提下，盡可能選用純度較高的氣體。這樣不但會提高（保持）儀器的高靈敏度，而且會延長色譜柱，在線氣相色譜儀（氣路控制部件，氣體過濾器）的壽命。實踐證明，作為中高檔氣相色譜儀，長期使用較低純度的氣體氣源，一旦要求分析低濃度的樣品時，要想恢復在線氣相色譜儀的高靈敏度有時十分困難。
對于低檔氣相色譜儀，作常量或半微量分析，選用高純度的氣體，不但增加了運行成本，有時還增加了氣路的復雜性，更容易出現漏氣或其他的問題而影響氣相色譜儀的正常操作。另外，為了某些特殊的分析目的要求特意在載氣中加入某些“不純物”，如：分析極性化合物添加適量的水蒸氣，操作氣相色譜儀火焰光度檢測器時，為了提高分析硫化物的靈敏度，而添加微量硫。操作氦離子化檢測器要氖的含量必須在5~25ppm，否則會在分析氫，氮和氬氣時產生負峰或“W”形峰等。
